Zakończyła się w niedzielę także w Szwecji, w Falun, gdzie Polka triumfowała w finałowych zawodach Pucharu Świata (4 biegi), dzięki czemu wyprzedziła w klasyfikacji generalnej Słowenkę Petrę Majdic. Kowalczyk wystąpiła w 29 biegach, z których wygrała cztery oraz zwyciężyła w finale PŚ. Droga Justyny Kowalaczyk do triumfu w Pucharze Świata: 22.11.08 Gallivare (Szwecja), 10 km techniką dowolną 1. Charlotte Kalla (Szwecja) .. 7. Justyna Kowalczyk (Polska) 29.11.08 Kuusamo (Finlandia), sprint 1,2 km techniką klasyczną 1. Petra Majdic (Słowenia) .. 3. Kowalczyk 30.11.08 Kuusamo (Finlandia), 10 km techniką klasyczną 1. Aino-Kaisa Saarinen (Finlandia) .. 5. Kowalczyk 06.12.08 La Clusaz (Francja), 15 km techniką dowolną ze startu wspólnego 1. Kristin Steira (Norwegia) .. 7. Kowalczyk 13.12.08 Davos (Szwajcaria), 10 km techniką klasyczną 1. Virpi Kuitunen (Finlandia) .. 4. Kowalczyk 14.12.08 Davos (Szwajcaria), sprint 1,4 km techniką dowolną 1. Petra Majdic (Słowenia) .. 7. Justyna Kowalczyk (Polska) Tour de Ski 27.12.08 Oberhof (Niemcy), prolog 2,5 km stylem dowolnym 1. Claudia Nystad (Niemcy) .. 3. Kowalczyk 28.12.08 Oberhof (Niemcy), 10 km stylem klasycznym 1. Virpi Kuitunen (Finlandia) .. 3. Kowalczyk 29.12.08 Praga (Czechy), sprint 1,3 km stylem dowolnym 1. Arianna Follis (Włochy) .. 11. Kowalczyk 31.12.08 Nove Mesto (Czechy), 10 km techniką klasyczną 1. Virpi Kuitunen (Finlandia) .. 4. Kowalczyk 01.01.09 Nove Mesto (Czechy), 1,2 km sprint techniką dowolną 1. Arianna Follis (Włochy) .. 26. Kowalczyk 03.01.09 Val di Fiemme (Włochy), 10 km techniką klasyczną ze startu wspólnego 1. Virpi Kuitunen (Finlandia) .. 15. Kowalczyk 04.01.09 Val di Fiemme (Włochy), 9 km na dochodzenie techniką dowolną 1. Therese Johaug (Norwegia) .. 4. Kowalczyk końcowa klasyfikacja Tour de Ski 1. Virpi Kuitunen (Finlandia) 2:06.41,4 2. Aino-Kaisa Saarinen (Finlandia) strata 7,2 3. Petra Majdic (Słowenia) 34,5 4. Kowalczyk 1.21,1 16.01.09 Whistler (Kanada), sprint 1,2 km techniką klasyczną 1. Alena Prochazkova (Słowacja) 2. Kowalczyk 17.01.09 Whistler (Kanada), bieg łączony 2x7,5 km 1. Kowalczyk 24.01.09 Otepaeae (Estonia), 10 km techniką klasyczną 1. Kowalczyk 25.01.09 Otepaeae (Estonia) sprint 1,2 km techniką klasyczną 1. Petra Majdic (Słowenia) .. 7. Kowalczyk 30.01.09 Rybińsk (Rosja), 10 km techniką dowolną ze startu wspólnego 1. Mariana Longa (Włochy) .. 12. Kowalczyk 31.01.09 Rybińsk (Rosja), sprint 1,3 km techniką dowolną 1. Pirjo Muranen (Finlandia) .. 5. Kowalczyk 13.02.09 Valdidentro (Włochy), sprint 1,4 km techniką dowolną 1. Petra Majdic (Słowenia) .. 21. Kowalczyk 14.02.09 Valdidentro (Włochy), 10 km techniką klasyczną 1. Kowalczyk 07.03.09 Lahti (Finlandia), sprint 1,3 km techniką dowolną 1. Petra Majdic (Słowenia) .. 11. Kowalczyk 08.03.09 Lahti (Finlandia), 10 km techniką dowolną 1. Kowalczyk 12.03.09 Trondheim (Norwegia), sprint 1,4 km techniką klasyczną 1. Petra Majdic (Słowenia) .. 3. Kowalczyk 14.03.09 Trondheim (Norwegia), 30 km techniką klasyczną ze startu wspólnego 1. Petra Majdic (Słowenia) 2. Kowalczyk 18.03.09 Sztokholm (Szwecja) sprint 1,2 km techniką klasyczną 1. Petra Majdic (Słowenia) .. 10. Kowalczyk 20.03.09 Falun (Szwecja), 3,3 km techniką dowolną 1. Claudia Nystad (Niemcy) .. 3. Kowalczyk 21.03.09 Falun (Szwecja), bieg łączony 2x5 km 1. Riitta-Liisa Roponen (Finlandia) .. 3. Kowalczyk 22.03.09 Falun (Szwecja), 10 km stylem dowolnym na dochodzenie 1. Kowalczyk najlepszy czas biegu 1. Kristin Stoermer Steira (Norwegia) .. 12. Kowalczyk klasyfikacja finału PŚ (4 ostatnie zawody) 1. Kowalczyk 1:06.06,8 2. Therese Johaug (Norwegia) strata 20,0 3. Charlotte Kalla (Szwecja) 23,4