W poprzednim sezonie Jończyk zanotował z Arką Gdynia passę dziewięciu spotkań bez porażki. Siedem z nich wygrał, dwa zremisował, a "żółto-niebiescy" wywalczyli awans do najwyższej klasy rozgrywkowej. Niestety, Jończykowi nie przyznano licencji na samodzielne prowadzenie zespołu beniaminka i musiał odejść. Jończyk w środowisku piłkarskim jest nieodłącznie kojarzony z Wojciechem Stawowym, z którym wspólnie pracował na chwałę Cracovii, a także Arki Gdynia. Wcześniej nowy szkoleniowiec Zagłębia pracował także w Victorii Jaworzno. Z Cracovii odszedł wspólnie z trenerem Wojciechem Stawowym. Wraz z nim podjął także pracę w Arce Gdynia, lecz w grudniu 2006 roku zrezygnował z roli drugiego trenera. Taką decyzję podjął z powodów rodzinnych. Wojciech Stawowy na swojej witrynie internetowej, żegnając Jończyka, napisał: "Chcę bardzo gorąco podziękować mojemu przyjacielowi za wspólną pracę w Cracovii i Arce. Było to sześć wspaniałych lat spędzonych razem na dobre i na złe, ale zawsze razem. Teraz przyszedł czas na samodzielność, której Robert potrzebował i z, którą Trener Jończyk poradzi sobie jak nikt inny, a Prezes który go zatrudni będzie mógł powiedzieć że skreślił właśnie szóstkę w totolotka. Dziękuje Ci bardzo Robert za wszystko i pamiętaj czasami o Stawie!" "Staw" pamiętał o swoim przyjacielu, bowiem gdy opuszczał Arkę na swojego następcę namaścił właśnie Jończyka.