51-letni szkoleniowiec reprezentację objął w lipcu 2016 roku, kiedy po mistrzostwach Europy rezygnację złożył Vicente del Bosque. Lopetegui'ego wybrano głównie z powodu sukcesów, jakie odniósł z juniorskimi reprezentacjami Hiszpanii. Na początku tej dekady po mistrzostwo Europy sięgnął z zespołami do lat 19 i 21. Później pracował w FC Porto, ale zespół pod jego wodzą nie wywalczył żadnego trofeum. W zbliżających się mistrzostwach świata w Rosji Hiszpania w grupie B zagra kolejno z: Portugalią, Iranem i Marokiem.