Chorwat w stolicy Bawarii występował przez dwa lata, odnosząc znaczne sukcesy z potrójną koroną w sezonie 2012/13 i podwójną w zakończonych niedawno rozgrywkach. Po przyjściu przed rokiem Josepa Guardioli stracił jednak na znaczeniu, a ponadto przyjście Roberta Lewandowskiego w letnim oknie transferowym oznaczało, że pozycja Mandżukicia jeszcze bardziej osłabła. Teraz będzie chciał w Atletico zastąpić Diega Costę, który przeprowadza się do Anglii, by grać w Chelsea Londyn. "Mamy ustne porozumienie pomiędzy Bayernem, Atletico Madryt i Mariem Mandżukiciem" - powiedział Sammer na konferencji prasowej. Chorwat grając przez dwa lata na Allianz Arena w 54 meczach Bundesligi strzelił 33 gole.