W Lidze Mistrzów kapitan Barcelony wystąpił tylko czterokrotnie. "Wątpię bym wytrzymał cały następny sezon, jeśli będę miał takie kłopoty zdrowotne, jak ostatnio. Gdyby sytuacja się powtórzyła będę musiał zakończyć karierę" - powiedział Puyol, którego zabrakło podczas mistrzostw Europy w Polsce i na Ukrainie z powodu kontuzji prawego kolana i atroskopii przeprowadzonej przed rokiem. Z tego powodu pauzował trzy miesiące. Pod koniec lipca powrócił do treningów, ale już po miesiącu, w drugim spotkaniu ligowym Barcelony w Osasunie, doznał złamania kości policzkowej. We wrześniu posłuszeństwa odmówiło lewe kolano, a gdy piłkarz powrócił na boisko 2 października doznał zwichnięcia łokcia i musiał pauzować dwa miesiące. Niedługo cieszył się zdrowiem, gdyż zaczęło mu dokuczać prawe kolano, które było powodem absencji podczas Euro 2012. W połowie marca przeszedł artroskopię stawu kolanowego. W grudniu kapitan Barcelony, która zdobyła w tym sezonie mistrzostwo (pozostała do rozegrania ostatnia kolejka) przedłużył umowę do 2016 roku. "Moim celem jest być przygotowanym na sto procent do następnego sezonu. Chciałbym wypełnić kontrakt i zakończyć karierę w wieku 40 lat" - dodał kapitan na konferencji prasowej. Puyola zabraknie w składzie Hiszpanii w czerwcowym Pucharze Konfederacji w Brazylii. Piłkarz na razie nie myśli jednak o zakończeniu reprezentacyjnej kariery. "Trener Del Bosque jest w stałym kontakcie ze mną. Zobaczymy co się wydarzy. To nie jest odpowiedni moment, by poruszać kwestię reprezentacji" - dodał piłkarz, który w "Dumie Katalonii" występuje od 1999 roku, a w zespole narodowym od 2000 roku. W reprezentacji rozegrał 100 spotkań.