30 letni Alfonso podpisał z Betisem roczną umowę. Wychowanek madryckiego Realu, grał w Betisie w sezonach 1995 - 2000. Następnie, już jako piłkarz Barcelony, trafił na zasadzie rocznego wypożyczenia do francuskiego Olimpique Marsylia. Najwieksze sukcesy Alfonso Perez osiągnął grając w barwach Realu Madryt. W 1992 roku w Barcelonie zdobył złoty olimpijski medal, a wpamiętnym finale przeciwko Polsce strzelił dwie bramki. Dwa lata później zdobył z "królewskimi" mistrzostwo Hiszpanii. W stroju reprezentacyjnym Alfonso wystąpił 38 razy.