Jak zaznaczył, zarząd klubu z Vitorii w Kraju Basków namawiał go na pozostanie z zespołem, ale Fernandez nie zmienił zdania. W Alaves pracował od końcówki 2017 roku. Piłkarze Alaves mieli udaną pierwszą połowę sezonu. Przez długi czas utrzymywali się w walce o pierwszą czwórkę w tabeli ekstraklasy. Jednak od 12 stycznia wygrali tylko cztery mecze i ostatecznie zakończyli rozgrywki na 11. pozycji.