Fonseca to były piłkarz. Najczęściej występował na pozycji obrońcy. W swojej karierze bronił barw głównie klubów w ojczyźnie. W 2005 roku postanowił przejść na sportową emeryturę. Przygody z futbolem jednak nie skończył. Zaczął pracę jako trener w klubach w Portugalii. Przez jeden sezon prowadził FC Porto czy SC Braga. W 2016 roku został szkoleniowcem Szachtara Donieck, w którym pracował trzy lata.Fonseca zastąpił na stanowisku trenera Romy Claudio Ranieriego. 67-letni Włoch w maju poinformował, że po zakończeniu sezonu odchodzi. "Giallorossi" mają za sobą niezbyt udany sezon. Rzymianie dopiero szóste miejsce i zagrają w eliminacjach Ligi Europy.