Ben Arfa zawodnikiem Lyonu został w 2004 roku w wieku 17 lat. Wywalczył z tym klubem cztery mistrzostwa Francji z rzędu. Jest uważany, obok Karima Benzemy, dotychczas jego klubowego kolegi i Samira Nasriego, który zmienił Marsylię na Arsenal Londyn, za przyszłość francuskiego futbolu.