Wilmots zastąpił Georges'a Leekensa, który 13 maja podał się do dymisji, aby przyjąć ofertę z FC Brugge. Pod kierunkiem Wilmotsa Belgowie zremisowali w Brukseli z Czarnogórą 2-2 i przegrali w Londynie z Anglią 0-1. W reprezentacji Belgii rozegrał 70 meczów i strzelił 28 bramek. Jako trener prowadził swoją byłą klubową drużynę Schalke 04 Gelsenkirchen (2003), potem Sint Truiden (2004-2005), a od 2009 roku był asystentem trenera reprezentacji Belgii.