W oświadczeniu przesłanym do telewizji RTE Keane napisał m.in., że: "nadszedł czas, aby skoncentrować się na piłce klubowej". Reprezentacja Irlandii w eliminacjach mistrzostw świata 2006 zajęła czwarte miejsce w grupie czwartej i nie awansował do finałów tej imprezy. Keane nie grał w finałach mistrzostw świata w 2002 roku w Korei Płd. i Japonii, mimo iż Irlandia w nich występowała. Przed turniejem został wykluczony z kadry narodowej z powodu konfliktu z ówczesnym trenerem irlandzkiej reprezentacji Mickiem McCarthym.