Największym sukcesem w karierze trenerskiej Lemerre było mistrzostwo Europy z trójkolorowymi w 2000 roku. Dwa lata później nie powiodło mu się z kadrą Francji w mistrzostwach świata, więc przeniósł się do Tunezji. W 2004 roku wywalczył z zespołem narodowym tego kraju tytuł mistrza Afryki. Później był szkoleniowcem m.in. reprezentacji Maroka. Lemerre był asystentem Aime Jacqueta, gdy francuscy piłkarze sięgali po mistrzostwo świata w 1998 roku.