Alvarez dołączył do Cracovii w lipcu 2020 roku i podpisał trzyletni kontrakt. Z przyjściem Niemca z hiszpańskim paszportem wiązano duże nadzieje. Miał za sobą świetny sezon w drugiej Bundeslidze - 13 goli w 29 meczach. Jednak już w pierwszym sezonie w ekstraklasie nie błyszczał. Trochę przeszkadzały mu kontuzję, ale zdobył tylko dwie bramki (w 21 meczach). Niewiele lepiej było jesienią 2021 roku. Tym razem tylko dziesięć występów i jeden gol. Wkrótce po przyjściu trenera Jacka Zielińskiego nie łapał się nawet do kadry meczowej. Miarka przebrała się po zimowej przerwie. Alvarez wrócił ze sporą nadwagą za co dostał karę od szkoleniowca. Także testy motoryczno-wydolnościowe wypadły dla zawodnika fatalnie. Z tego powodu trener Zieliński nie tylko nie wziął go na obóz pierwszej drużyny, ale odesłał też do rezerw. W trzeciej lidze Alvarez zagrał trzy mecze i przestał pojawiać się na treningach. Niemiec złożył do PZPN, a właściwie do Piłkarskiego Sądu Polubownego działającego przy związku wniosek o rozwiązanie kontraktu z winy klubu i wypłaty pieniędzy za pozostałe do końca umowy 15 miesięcy. A chodziło o niebagatelną kwotę. Jak nam się udało ustalić o około 400 tys. euro (ponad 1,7 mln zł), co oznacza, że miesięcznie zarabiał ponad 25 tys. euro. Alvarez przegrał spór z Cracovią we wszystkich instancjach W październiku 2022 roku związkowy sąd nie przyznał racji zawodnikowi. Alvarez dalej jednak walczył o pieniądze. I kroki skierował do FIFA, która często staje po stronie piłkarzy. Tam też czekał Alvareza zawód. Choć sprawa się ciągła, to rok temu Cracovia poinformowała, że światowa federacja tak samo oceniła spór między klubem a piłkarzem. "FIFA Football Tribunal (...) potwierdził ważność i skuteczność wcześniejszego wyroku Piłkarskiego Sądu Polubownego PZPN, który przyznawał rację naszemu Klubowi. (...) MKS Cracovia SSA przestrzegała obowiązujących przepisów, a Marcos Alvarez nie miał podstaw do rozwiązania kontraktu z winy Klubu. (...) składane przez niego oświadczenia, w tym również skarga wniesiona do FIFA, były bezzasadne." - to część komunikatu klubu. Alvarez nie zraził się także tą porażką i szukał sprawiedliwości w Trybunale Arbitrażowym ds. Sportu w Lozannie. To najwyższa instancja rozstrzygania sporów związanych ze sportem. Ponownie po około roku czasu zapadł wyrok. I także w tej instancji jest korzystny dla Cracovii. W poniedziałek do klubu dotarło pismo, które potwierdziło, że "roszczenia zawodnika o rozwiązanie kontraktu były bezpodstawne".