W przeszłości Gisdol pracował w FC Koeln, skąd został zwolniony w kwietniu obecnego roku. Powodem była pozycja klubu w strefie spadkowej. Jego wcześniejszymi miejscami pracy były SV Hamburger i TSG Hoffenheim. Gisdol był także częścią sztabu szkoleniowego FC Schalke, gdzie pracował wspólnie z Ralfem Rangnikiem. Markus Gisdol zastąpił na stanowisku Marko Nikolica Obecnie drogi obu fachowców znów się połączyły, bo Rangnik pełni rolę dyrektora sportu i rozwoju w Lokomotiwie. Gisdol będzie drugim niemieckim trenerem pracującym w rosyjskiej Premier Lidze. Od października 2020 Sandro Schwarz szkoli piłkarzy Dynama Moskwa, którego zawodnikiem jest Sebastian Szymański.