W drugiej rundzie pierwsze mecze rozegrane zostaną 27 i 28 lipca, rewanże 4 sierpnia. Zestaw par w drugiej rundzie kwalifikacji: Piunik - Szachtar Donieck, APOEL Nikozja - Sparta Praga, Rosenborg Trondheim - Szeriff, Young Boys Berno - Crvena Zvezda Belgrad, Nova Gorica - FC Kopenhaga, Neftczi - CSKA Moskwa, Żilina - Dinamo Bukareszt, HJK Helsinki - Maccabi Tel Awiw, Skonto - Trabzonspor, Club Bruges - Lokomotiw Płowdiw, Dinamo Tirana - Ferencvaros Budapeszt, Hajduk Split - FC Shelbourne, Djurgarden - FBK Kowno, WIT Georgia Tbilisi - Wisła Kraków