W kwietniu z pracy zwolniony został Mirko Labrovic. Jego następca Kresimir Sunara prowadził zespół tylko przez pięć tygodni. Z końcem czerwca wygasła umowa następnemu szkoleniowcowi Goranowi Tomicowi. Przed sezonem 2016/2017 zatrudniono Ivana Katalinica, jednak rozstał się z klubem już na początku października. Kolejny trener Andjelko Godinic popracował tylko do połowy listopada, a kilka dni temu na ławce zasiadł Stipe Balajic. W 12-drużynowej tabeli drugiej ligi NKS Sibenik zajmuje dziesiąte miejsce. Po raz ostatni występował w ekstraklasie w 2012 roku.