W tej fazie rozgrywek znalazły się aż trzy kluby z Portugalii: Sporting Braga, Benfica Lizbona i FC Porto. Stawkę uzupełniły: Spartak Moskwa, Dynamo Kijów, Twente Enschede, PSV Eindhoven i Villarreal. Piłkarze FC Porto po ograniu CSKA Moskwa w poprzedniej rundzie znów pojadą do stolicy Rosji. "Smoki" tym razem zmierzą się ze Spartakiem. Mecze ćwierćfinałowe zaplanowano na 4 i 14 kwietnia. Półfinały odbędą się 28 kwietnia i 5 maja. Wielki finał Ligi Europejskiej rozegrany zostanie 18 maja w Dublinie. Pary 1/4 finału Ligi Europejskiej: FC Porto - Spartak Moskwa Benfica Lizbona - PSV Eindhoven Villarreal - Twente Enschede Sporting Braga - Dynamo Kijów Pary 1/2 finału: Sporting Braga/Dynamo Kijów - Benfica Lizbona/PSV Eindhoven FC Porto/Spartak Moskwa - Villarreal/Twente Enschede