Zespół Anży został założony w stolicy Dagestanu Machaczkale w 1991 roku i początkowo reprezentował miejscowy koncern naftowy "Dagnieftieprodukt". W 1999 roku zwyciężył w rozgrywkach II ligi i awansował do rosyjskiej ekstraklasy. W sezonie 2001/2002 uczestniczył w rozgrywkach Pucharu UEFA (1/64 finału). Przez trzy sezony Anży występowało w ekstraklasie Rosji. Później spadło, a po kilku latach ponownie wróciło do grona czołowych rosyjskich klubów piłkarskich. W tym czasie właścicielem zespołu został potentat paliwowy z Dagestanu Sulejman Kerimow, który w zestawieniu magazynu Forbes na liście najbogatszych ludzi świata z 2011 roku został sklasyfikowany na 118. miejscu. Jego majątek szacowano wówczas na 7,8 mld dolarów. Od początku 2011 roku klub prowadził ofensywę transferową. Nad Morze Kaspijskie trafili m.in. słynny brazylijski obrońca Roberto Carlos, który został też trenerem drużyny, reprezentant Rosji Jurij Żyrkow i Kameruńczyk Samuel Eto'o. Ten ostatni był wtedy najlepiej opłacanym piłkarzem na świecie - zarabiał 20 mln euro rocznie. W 2013 roku Kerimow - z powodu poważnych problemów finansowych - znacznie obniżył środki przeznaczone na futbol. W lipcu do dymisji podał się trener Guus Hiddink, a zespół opuściło aż czternastu zawodników, którzy do tej pory stanowili o jego sile. W 2014 roku klub zajął ostatnie, szesnaste miejsce w rosyjskiej ekstraklasie i spadł do II ligi. Po roku ponownie awansował i zajmował odpowiednio 13., 12. oraz 14. miejsce. W sezonie 2017/18 zespół miał ponownie spaść do II ligi, ale pozostał w ekstraklasie z powodu bankructwa Amkaru Perm. Rok później (2018/19) wraz z Jenisejem Krasnojarsk znalazł się już jednak w niższej klasie rozgrywek, teraz ekipie z Dagestanu grozi gra w lidze amatorskiej.