Ojciec Jonathana - Juergen - prowadził seniorską reprezentację USA od 2011 roku, zastępując Boba Bradleya. Doprowadził ją do triumfu w mistrzostwach strefy CONCACAF oraz do fazy pucharowej mistrzostw świata w Brazylii w 2014 roku. Został zwolniony w listopadzie 2016 r. po słabym początku kwalifikacji do mundialu 2018 roku. Żoną byłego reprezentanta Niemiec i matką Jonathana jest amerykańska modelka Debbie Chin. Klinsmann, były piłkarz i selekcjoner reprezentacji Niemiec, od kilkunastu lat mieszka w USA, obecnie w Kalifornii. Turniej kwalifikacyjny MŚ 2017 strefy CONCACAF odbędzie się w Kostaryce od 17 lutego do 5 marca. Awans wywalczą cztery najlepsze zespoły. Mistrzostwa globu w tej kategorii wiekowej zostaną rozegrane na przełomie maja i czerwca w Korei Płd.