Kowalczyk zaczynał 11 lat wcześniej seniorską karierę w GKS. Potem dwukrotnie wywalczył mistrzostwo kraju grając w krakowskiej Wiśle. Ostatnie cztery sezony spędził w Odrze. W Ekstraklasie rozegrał dotąd 93 spotkania, strzelając 3 bramki.