Uniadrugi raz w historii staje nad przepaścią. W 2012 roku z powodu olbrzymich kłopotów finansowych klub został rozwiązany. W następnym roku udało się go reaktywować i zaczął od najniższego poziomu - B-Klasy. W przeszłości grał nawet na zapleczu ekstraklasy (w sezonie 2006/2007). Po wznowieniu działalności krok po kroku piął się w rozgrywkach aż awansował w 2019 roku do trzeciej ligi. W ubiegłym sezonie do klubu ściągnięto dwóch Hiszpanów - Raula Alemana i Denzela Mendeza. Obaj grali w Unii tylko w rundzie jesiennej. Jak się wynika z wpisu na klubowym facebooku to był początek kłopotów. Długi Unii trzy razy większe Poprzedni działacze Unii rozwiązali kontrakt z winy zawodników na początku roku, ale obaj zgłosili roszczenia do FIFA. Jak twierdzi klub właśnie zaczął wychodzić na prostą. Przed obecnym sezonem powstał nowy zarząd. "Kiedy 8 lipca br przejmowaliśmy klub, to jego zadłużenie wynosiło 480 tys. złotych. Dzięki ciężkiej pracy na dzień 1.12 zadłużenie klubu spadło do kwoty 280 tys. z realną szansą na pokrycie tych zobowiązań w roku 2023." - twierdzą działacze. Tymczasem FIFA stanęła po stronie zawodników i nie tylko nakazała spłatę zobowiązań, to jeszcze ukarała Unię. "Niestety w ostatnim czasie otrzymaliśmy wyrok trybunału FIFA, który orzekł o nakazie zapłaty po 170 tys. złotych na korzyść naszych byłych zawodników - Raula Santana i Denzela Mendeza, co zwiększa zadłużenie klubu o 340 tys. zł. (...) Ponadto Klub został ukarany przez trybunał FIFA zakazem transferowym do czasu spłaty zobowiązań dla zawodników z Hiszpanii.". Unia informuje, że kolejna sprawa dotyczącą zobowiązań toczy się w Polskim Związku Piłki Nożnej. Maciej Stefanowicz za występy w rundzie wiosennej sezonu 2020/2021 domaga się 155 tys. zł. W sumie długi Unii mogą wynieść niespełna 800 tys. zł. Dlatego "w chwili obecnej pomimo zadeklarowania przez sponsorów wsparcia klubu na poziomie z bieżącego roku, przystąpienie pierwszego zespołu Unii Janikowo do rozgrywek III ligi w rundzie wiosennej staje się wątpliwe." - przyznali działacze.