Cuper w latach 2008-09 był selekcjonerem gruzińskiej kadry. Największe sukcesy odnosił jednak prowadząc hiszpańskie kluby. W 1998 r. poprowadził RCD Mallorcę do finału Pucharu Hiszpanii, a rok później do finału Pucharu Zdobywców Pucharów. W 2000 i 2001 roku osiągnął z Valencią finał Ligi Mistrzów. Z kolei w 2003 roku zdobył z Interem Mediolan wicemistrzostwo Włoch. Przed Al Wasl trenował Orduspor, Racing Santander i Aris Saloniki. Zespół Egiptu dwukrotnie brał udział w mistrzostwach świata (1934 r. i 1990 r.).