Prosinecki został powołany na stanowisko szkoleniowca 4 stycznia 2018 i miał przeprowadzić zespół przez eliminacje mistrzostw Europy. Reprezentacja pod jego kierownictwem rozegrała 22 mecze, wygrała dziewięć, sześć zremisowała i siedem przegrała. Były piłkarz Barcelony i Realu Madryt już we wrześniu złożył rezygnację, ale wycofał ją po otrzymaniu wsparcia ze strony federacji. Bośnia i Hercegowina rywalizowała w eliminacjach ME w grupie J z Włochami, Finlandią, Grecją, Armenią i Liechtensteinem. Zespół zdobył 13 punktów i zajął czwarte miejsce. Teraz ma szansę walczyć o awans w barażach. W ścieżce B Bośnia i Hercegowina podejmie Irlandię Północną, a Słowacja - Irlandię. Finał zostanie rozegrany w kraju zwycięzcy tej pierwszej pary.