Krstajić drużynę narodową objął w październiku 2017 roku nie mając żadnego doświadczenia w pracy trenerskiej. Zastąpił Slavoljuba Muslina, który wywalczył z Serbami awans na mistrzostwa świata 2018, ale po konflikcie z władzami federacji jego umowę rozwiązano za porozumieniem stron. Krstajicia nie uratowało poniedziałkowe zwycięstwo z Litwą u siebie 4-1. Serbia w tabeli grupy B zajmuje trzecie miejsce z czterema punktami. Na inaugurację eliminacji zremisowała na wyjeździe z Portugalią 1-1.