Akademia występowała w ekstraklasie nieprzerwanie od 2003 roku. Po pięciu latach gry w Poznaniu, drużynę przeniesiono do Pniew. W trzech ostatnich sezonach zdobywała mistrzostwo Polski.W czwartek prezes klubu Cezary Pieczyński w specjalnym oświadczeniu poinformował o wycofaniu zespołu z rozgrywek."W związku z brakiem możliwości pokrycia kosztów związanych z występami w Ekstraklasie Futsalu w sezonie 2012/2013, Zarząd Stowarzyszenia na Rzecz Rozwoju Kultury Fizycznej Akademia FC Pniewy podjął decyzję o nie przystępowaniu do procesu licencyjnego i wycofaniu zespołu z rozgrywek. Żałujemy, że z przyczyn od klubu niezależnych nie będziemy mogli dalej reprezentować miasta i gminy Pniewy oraz korzystać ze wsparcia społeczności lokalnej" - napisano w oświadczeniu.