31-letni Edu karierę sportową zaczynał w zespole Corinthians, z którym w latach 1998 i 1999 wywalczył tytuł mistrza kraju. Później grał w londyńskim Arsenalu, z którym dwa razy - w latach 2002 i 2004 zdobył tytuł mistrza Anglii. Od sezonu 2004/2005 grał w Valencii, gdzie w ostatnich miesiącach z powodu kontuzji nie miał miejsca w podstawowym składzie.