Li jest jedną z 42 osób zamieszanych w największy w historii skandal korupcyjny w FIFA, który wyjaśniany jest w USA. Przed sądem Kostarykanin przyznał, że wynegocjował 500 tys. dolarów łapówek, z czego 300 tys. dolarów otrzymał za przyznanie praw medialnych i marketingowych do meczów eliminacyjnych mistrzostw świata 2022 oddziałowi w Miami brazylijskiej firmy Traffic Group. Przyznał też, że przyjął oddzielnie 500 tys. dolarów, z czego 230 tys. zainkasował od pośredników z siedzibą w Panamie, w zamian za wybór sponsora na koszulkach reprezentacji Kostaryki. Eduardo Li, który był członkiem Komitetu Wykonawczego FIFA oraz CONCACAF, znalazł się w gronie siedmiu działaczy piłkarskich zatrzymanych w Zurychu w maju 2015 roku. Przed sądem federalnym w USA przyznał się do przyjęcia setek tysięcy dolarów łapówek. Prokuratorzy w USA podali, że Li oraz inne osoby zamieszane w ten proceder, w sumie przyjęły około 200 milionów dolarów łapówek za sprzedaż praw marketingowych i telewizyjnych do mistrzostw świata. We wrześniu ub.r. Komitet Etyczny FIFA ukarał byłego wiceprezydenta tej organizacji Jeffreya Webba grzywną w wysokości miliona franków szwajcarskich oraz dożywotnią dyskwalifikacją za korupcję. FIFA jest w głębokim kryzysie od połowy 2015 roku, kiedy przed kongresem w Zurychu szwajcarska policja - we współpracy z amerykańskim wymiarem sprawiedliwości - zatrzymała siedmiu prominentnych działaczy i postawiła im zarzuty korupcyjne. Dotyczyły one głównie sprzedaży praw telewizyjnych, ale do nielegalnych transakcji miało też dochodzić przy wyborze gospodarzy kolejnych mundiali. W czerwcu tego roku pojawiły się informacje, że Joseph Blatter, były sekretarz generalny Jerome Valcke, który został wykluczony z wszelkiej działalności w futbolu na 12 lat, i dyrektor finansowy Markus Kattner są podejrzani o nielegalne otrzymanie w ostatnich pięciu latach z FIFA około 80 mln dolarów. Postępowanie ws. FIFA prowadzą wspólnie Prokuratura Generalna Szwajcarii oraz Departament Sprawiedliwości USA.