Ze względu na problemy zdrowotne Puyol nie mógł grać łącznie przez trzy miesiące. Nie wystąpił m.in. w obu ćwierćfinałach Ligi Mistrzów, a w sobotnim finale, z Manchesterem United, wbiegł na boisko na ostatnie trzy minuty. Puyol jest nominalnie kapitanem Barcelony. Piłkarze "Barcy" zakończyli sezon w sobotę wspaniałym zwycięstwem nad "Czerwonymi Diabłami" 3-1 na Wembley i zdobyciem Pucharu Europy. Wcześniej równie efektownie wywalczyli mistrzostwo Hiszpanii.