Van Bommel jest w konflikcie z trenerem pierwszej reprezentacji Holandii, Marco van Bastenem i od mistrzostw świata w 2006 r. nie jest powoływany do kadry pierwszej drużyny narodowej. Natomiast chętnie w swych szeregach, jako jednego ze starszych graczy, van Bommela widzi trener młodzieżowej reprezentacji Holandii, przygotowującej się do igrzysk - Foppe de Haan. O zwolnienie van Bommela na potrzeby drużyny olimpijskiej zwrócił się do Bayernu prezes holenderskiej federacji piłkarskiej Henk Kesler. Spotkał się jednak z odmową szefa bawarskiego klubu, Karla- Heinza Rummenigge, który w rozmowie telefonicznej nie zgodził się na zwolnienie van Bommela. Bundesliga gra bowiem w terminie turnieju olimpijskiego. Holendrzy w piłkarskim turnieju olimpijskim wystąpią po raz pierwszy od 1952 r.