Advocaat trafił do Sankt Petersburga w czerwcu 2006 roku i z rosyjskim klubem triumfował w tegorocznej rywalizacji o Puchar UEFA, pokonując w finale Glasgow Rangers, a także sięgnął po Superpuchar Europy, wygrywając 2:1 z Manchesterem United, triumfatorem Ligi Mistrzów. W ostatnich tygodniach media informowały o możliwości odejścia holenderskiego szkoleniowca i jego powrocie do kraju.