Abbiati w kadrze Milanu figuruje od 1998 roku. Lata 2005-2008 spędził na wypożyczeniu w innych klubach. Najpierw grał dla Juventusu Turyn, potem Torino, a na końcu dla Atletico Madryt. Gdy między słupkami drużyny z San Siro słabiej zaczął spisywać się Brazylijczyk Dida, Abbiati wrócił do Mediolanu i został pierwszym bramkarzem swojego klubu. Dotychczasowy kontrakt 31-letniego bramkarza obowiązywał do 2010 roku. Nowa umowa wygaśnie zatem tuż po sezonie 2010/2011.