Eusebio urodził się w Lourenco Marques (obecnie Maputo), stolicy dawnej kolonii portugalskiej - Mozambiku, jako jedno z ośmiorga dzieci w rodzinie. Tam też w latach 1957-60 stawiał pierwsze piłkarskie kroki, grając dla lokalnego Sportingu. O jego talencie szybko usłyszano na Półwyspie Iberyjskim. Walkę o pozyskanie go prowadziły dwa najlepsze wówczas w kraju kluby z Lizbony - Benfica i Sporting. Ostatecznie wybrał drużynę "Orłów", a ważny udział w decyzji miała mama piłkarza. W pierwszym składzie Benfiki zadebiutował w 1960 roku, w wieku 19 lat. Już w kolejnym sezonie dotarł do finału Pucharu Europy (poprzednika Ligi Mistrzów), w którym portugalski zespół pokonał 5:3 Real Madryt, triumfatora pięciu poprzednich edycji. "Królewscy", którzy mieli wówczas w składzie Argentyńczyka Alfredo Di Stefano czy Węgra Ferenca Puskasa, prowadzili w tym spotkaniu 2:0, ale odrobienie strat okazało się możliwe m.in. dzięki dwóm trafieniom Eusebio. Jego formę doceniono drugim miejscem w plebiscycie magazynu "France Football" na najlepszego piłkarza roku. Po "Złotą Piłkę sięgnął w końcu w 1965, jako pierwszy ciemnoskóry zawodnik. Rok później ponownie był drugi - zdobył o jeden głos mniej od Anglika Bobby'ego Charltona. Z Benficą Eusebio wygrał Puchar Europy także w 1962 roku, a ponadto 11-krotnie triumfował w ekstraklasie. Z klubem pożegnał się w 1975 roku, nękany kontuzjami kolan. Sześciokrotnie poddał się operacji, ale nie zdołał odzyskać najwyższej formy. Jeszcze przez kilka lat szukał jej w rozmaitych klubach portugalskich oraz w Ameryce Północnej. Karierę zakończył w USA w 1978 roku. W 1961 zadebiutował w reprezentacji Portugalii, w przegranym 2:4 meczu z Luksemburgiem, w którym zdobył pierwszą bramkę spotkania. Strzelił dla kraju łącznie 41 goli w 64 występach. Jego rekordowy wynik pobił dopiero Pedro Pauleta w 2005 roku. Największym sukcesem Portugalczyka było trzecie miejsce w mistrzostwach świata w 1966 roku. Zdobył na tym mundialu dziewięć bramek i został królem strzelców, ale nigdy nie pogodził się do końca z półfinałową porażką z Anglią. "To był najsmutniejszy mecz mojego życia. Jestem najlepszym piłkarzem świata, najlepszym strzelcem świata i Europy. Osiągnąłem wszystko, ale nigdy nie wygrałem mundialu" - mówił. Eusebio zdobył w tym spotkaniu bramkę, ale Portugalia przegrała 1:2, bowiem wcześniej na listę strzelców dwukrotnie wpisał się Bobby Charlton. W kraju o tym starciu mówi się "Jogo das lagrimas" ("mecz łez"), gdyż słynne stały się zdjęcia zapłakanego napastnika Benfiki po ostatnim gwizdku. Kłopoty ze zdrowiem legendarnego piłkarza rozpoczęły się podczas rozgrywanych w Polsce i na Ukrainie mistrzostw Europy 2012. 24 czerwca, gdy odwiedzał portugalską kadrę w Opalenicy, nagle źle się poczuł. Trafił do Szpitala Miejskiego w Poznaniu z podejrzeniem zawału serca. Ostatecznie stwierdzono wylew krwi do mózgu. Następnie przetransportowano go do jednej z lizbońskich klinik, którą opuścił po 10 dniach. Eusebio zmarł 5 stycznia 2014 roku około godziny 3.30 w nocy. Trumna z jego ciałem spoczywa w Panteonie narodowym w Lizbonie. Przed stadionem Benfiki - Estadio da Luz - stoi jego pomnik, który wzniesiono z okazji 50. urodzin piłkarza.