Od 1/8 finału zmagania toczyć się będą systemem pucharowym. Mecze tej fazy zaplanowano na luty i marzec 2017. Ćwierćfinały zostaną rozegrane w dniach 11/12 i 18/19 kwietnia, terminy półfinałów to 2/3 i 9/10 maja, a finał tej edycji Champions League rozegrany zostanie 3 czerwca w Cardiff. Legia awansowała do fazy grupowej po wyeliminowaniu w ostatniej rundzie kwalifikacji Dundalk FC. Wygrała 2:0 w Irlandii i zremisowała 1:1 w rewanżu na własnym stadionie. Program piłkarskiej LM 2016/17: faza grupowa 13/14 września 2016 - 1. kolejka 27/28 września - 2. kolejka 18-19 października - 3. kolejka 1/2 listopada - 4. kolejka 22/23 listopada - 5. kolejka 6/7 grudnia - 6. kolejka faza pucharowa 14/15 i 21/22 lutego 2017 - pierwsze mecze 1/8 finału 7/8 i 14/15 marca - rewanże 1/8 finału 11/12 i 18/19 kwietnia - ćwierćfinały 2/3 i 9/10 maja - półfinały 3 czerwca - finał (Cardiff)