Do tej fazy rozgrywek awansowały po dwa najlepsze zespoły z każdej z grup. Stawkę uzupełniły drużyny, które uplasowały się na trzecich miejscach w fazie grupowej Ligi Mistrzów.Podobnie jak w przypadku Champions League, ekipy z tego samego kraju nie mogły trafić na siebie.Pierwsze mecze 1/16 finału odbędą się 20 lutego, a rewanże tydzień później.Finał Ligi Europy zostanie rozegrany na Stadionie Energa w Gdańsku 27 maja 2020 roku. Pary 1/16 finału Wolverhampton - EspanyolSporting Lizbona - Istanbul BasaksehirGetafe CF - Ajax Amsterdam Bayer Leverkusen - FC Porto FC Kopenhaga - Celtic Glasgow APOEL Nikozja - Basel FC CFR Cluj - Sevilla FCOlympiakos Pireus - Arsenal LondynAZ Alkmaar - LASK LinzClub Brugge - Manchester UnitedŁudogorec Razgrad - Inter MediolanEintracht Frankfurt - FC SalzburgSzachtar Donieck - Benfica LizbonaVfL Wolfsburg - Malmoe FFAS Roma - KAA GentRangers FC - Sporting BragaRK