W 1/16 finału znalazły po dwie najlepsze drużyny z 12 grup oraz zespoły, które zajęły trzecie miejsca w fazie grupowej Ligi Mistrzów.Szczęścia w losowaniu nie miał rywal Legii Warszawa w grupie J Trabzonspor, którego barw broni Adrian Mierzejewski. Turcy trafili na lidera Serie A Juventus Turyn. O wiele lepiej powiodło się drugiemu przeciwnikowi stołecznej drużyny Lazio Rzym. Włosi w 1/16 finału zmierzą się bułgarskim Łudogorcem Razgrad. Pierwsze mecze 1/16 finału zostaną rozegrane 20 lutego 2014 roku, a rewanże tydzień później. Mecze 1/8 finału, gdzie pary również zostały już ustalona, zaplanowano na 13 i 20 marca.Finał Ligi Europejskiej odbędzie się 14 maja 2014 na stadionie Juventusu w Turynie. Pary 1/16 finału Ligi Europejskiej: Dnipro Dniepropietrowsk - Tottenham HotspurBetis Sewilla - Rubin KazańSwansea City - NapoliJuventus Turyn - TrabzonsporNK Maribor - Sevilla FCViktoria Pilzno - Szachtar DonieckCzernomorec Odessa - Olympique LyonLazio Rzym - Łudogorec RazgradEsbjerg fB - FiorentinaAjax Amsterdam - FC SalzburgMaccabi Tel Awiw - FC BaselAnży Machaczkała - KRC GenkFC Porto - Eintracht FrankfurtDynamo Kijów - Valencia CFPAOK Saloniki - Benfica LizbonaSlovan Liberec - AZ Alkmaar Pary 1/8 finału: Slovan Liberec/AZ Alkmaar - Anży Machaczkała/KRC Genk Lazio Rzym/Łudogorec Razgrad - Dynamo Kijów/Valencia CF FC Porto/Eintracht Frankfurt - Swansea City/SSC Napoli Czernomorec Odessa/Olympique Lyon - Viktoria Pilzno/Szachtar Donieck NK Maribor/FC Sevilla - Betis Sewilla/Rubin Kazań Dnipro Dniepropietrowsk/Tottenham Hotspur - PAOK Saloniki/Benfica Lizbona Maccabi Tel Awiw/FC Basel - Ajax Amsterdam/FC Salzburg Juventus Turyn/Trabzonspor - Esbjerg fB/AC Fiorentina