Zobacz szczegóły z Primera Division! W 2000 roku, na zakończenie złotej dekady XX wieku, w której Atletico sięgnęło między innymi po dublet, "Los Rojiblancos" zajęli 19. miejsce w tabeli Primera Division i musieli opuścić szeregi hiszpańskiej elity. W kadrze nie brakowało klasowych piłkarzy, o sile zespołu świadczyli między innymi: bramkarz Francisco Molina, pomocnicy Ruben Baraja i Juan Carlos Valeron, czy napastnik Jimmy Floyd Hasselbaink, a mimo to ligowego bytu pod wodzą Fernando Zambrano nie udało się uratować. Legendarny prezydent Jesus Gil zdecydował się na kadrową rewolucję. Latem 2000 roku klub opuściło czternastu zawodników, na czele z Moliną, Barają, Valeronem i Hasselbainkiem. Pomóc w powrocie do elity miał hiszpański zaciąg z Salve Ballestą, Sergio Sanchez i Ivanem Amayą na czele oraz Argentyńczyk Juan Gomez, Bośniak Mirsad Hibić i doświadczony Francuz Jean Hernandez. Pierwsza runda na zapleczu Primera Division nie zwiastowała rychłego powrotu do ekstraklasy. Atletico wygrało zaledwie siedem z 21 meczów i perspektywa gry w Segunda Division zdawała się dużo dłuższa niż pierwotnie zakładano. Jesus Gil zareagował w najbardziej charakterystyczny dla siebie sposób, zwalniając trenera i powierzając obowiązki szkoleniowe Garcii Cantarero. Zimą do zespołu dołączyli wyłącznie obcokrajowcy - Portugalczyk Dani, Argentyńczyk Daniel Fagiani oraz Szwajcar Raphael Wicky. Efekt przyszedł natychmiast, "Los Colchoneros" wygrali 14 meczów, przegrywając zaledwie trzy i uplasowali się na czwartej pozycji w tabeli, zajmując pierwsze niepremiowane awansem miejsce. W końcówce sezonu, pierwsze spotkania w zespole zaczął rozgrywać Fernando Torres. Aragones na ratunek Gil po raz kolejny zmienił trenera, powierzając powrót do Primera Division klubowej legendzie, późniejszemu selekcjonerowi reprezentacji Hiszpanii - Luisowi Aragonesowi. Na prośbę trenera, kadrę uszczuplono o zagranicznych zawodników, w ich miejsce sprowadzając Hiszpanów oraz dwóch zawodników mówiących po hiszpańsku - Argentyńczyka Germana Burgosa i Urugwajczyka Diego Alonso. Atletico wygrało 23 spośród 42 meczów i zapewniło sobie awans do Primera Division z pierwszego miejsca w tabeli już na kilka kolejek przed końcem. Wiodącą rolę w drużynie odgrywał 18-letni Fernando Torres, który zagrał w 36 spotkaniach i strzelił sześć bramek. Wzmocniona przez kilku doświadczonych zawodników - między innymi: Sergiego Barjuana, Demetrio Albertiniego i Emersona drużyna ruszyła na podbój Primera Division. 11. miejsce zawiodło oczekiwania i nowy prezydent klubu - Enrique Cerezo zdecydował się na zmianę na stanowisku trenera, które powierzono Gregoriowi Manzanowi. Do drużyny, po przygodach w Serie A, powrócił uwielbiany przez kibiców "Los Rojiblancos" Diego Simeone. Zespół poprawił się nieco i zajął siódme miejsce w tabeli, ale Manzano i tak podziękowano. W lipcu 2004 roku swoją szansę otrzymał Cesar Ferrando. Jego rządy w szatni Atletico przywróciły łatkę przeciętnej drużyny, która zajęła jedenaste miejsce w ligowej klasyfikacji. Latem 2005 roku poczyniono poważne transfery. Kontrakty na Estadio Vicente Calderon podpisali między innymi: Martin Petrow, Mateja Keżman, Gabi oraz Maxi Rodriguez. Nowym trenerem został osławiony sukcesami we własnym kraju Argentyńczyk Carlos Bianchi, którego na półmetku sezonu nie było już w klubie. Z Jose Murcią za sterami, Atletico uratowało się przed spadkiem i zajęło dziesiąte miejsce w lidze.