W czasie kariery piłkarskiej występował na pozycji napastnika. Był zawodnikiem m.in. Polonii Warszawa, Petrochemii Płock czy GKS-u Bełchatów. Występował także w izraelskim Hapoelu Bet Szean. W polskiej Ekstraklasie zagrał łącznie czterdzieści dziewięć meczów i strzelił dziewięć goli. Najwięcej występów w Ekstraklasie zaliczył w barwach drużyny z Bełchatowa. Marek Jakóbczak zmarł na chorobę nowotworową.