O swojej decyzji Małkowski poinformował za pośrednictwem Facebooka. Teraz pełnić będzie funkcję trenera bramkarzy w Widzewie Łódź, a także reprezentacji Polski do lat 16. Piłkarską karierę golkiper rozpoczął w swoim rodzinnym mieście, grając dla Stomilu Olsztyn. W wieku 22 lat wyjechał do Holandii, gdzie był zawodnikiem dwóch klubów z Rotterdamu - Feyenoordu oraz Excelsiorsu. Jednak jedynie w drugim z nich był podstawowym bramkarzem, dla którego rozegrał w sumie 55 spotkań. Z Holandii Małkowski przeniósł się do Szkocji, gdzie był bramkarzem Hibernian FC, Gretna FC oraz Inverness Caledonian Thistle FC. W 2008 roku wrócił do Polski i został zawodnikiem OKS-u 1945 Olsztyn, w którym pełnił także funkcję trenera bramkarzy. 31 sierpnia 2009 roku podpisał kontrakt z Koroną Kielce, co okazało się strzałem w dziesiątkę. Z kieleckim klubem związany był przez siedem lat, w czasie których rozegrał aż 149 meczów, 46 razy zachowując czyste konto. Przez ostatnie pół roku związany był kontraktem z Zagłębiem Lubin, lecz rozegrał tylko jedno spotkanie. Łącznie w polskiej Ekstraklasie rozegrał 156 meczów, w szkockiej Premier League - 47, a holenderskiej Eredivisie - 25. WG Ekstraklasa: wyniki, tabela, terminarz, strzelcy