Mecze II rundy zostaną rozegrane 29/30 lipca oraz 5/6 sierpnia i na tym etapie rozgrywek Wisła będzie drużyną rozstawioną, gdyż legitymuje się najwyższym współczynnikiem z polskich drużyn. Decydujące o wejście do grupy Ligi Mistrzów będą jednak spotkania rozgrywane w trzeciej rundzie, gdzie "Biała Gwiazda" nie może już liczyć na przywilej z rundy drugiej, czyli na tzw. rozstawienie. Jeśli mistrzowie Polski dotrą do tego etapu rozgrywek, mogą trafić na takie europejskie potęgi jak FC Barcelona, Arsenal Londyn czy Juventus Turyn. Losowanie odbędzie się 27 czerwca 2008. Ewentualni rywale Wisły Kraków w III rundzie eliminacji do ligi mistrzów: Liverpool FC (4. miejsce w Anglii) 118,914 pkt. FC Barcelona (4. Hiszpania) 117,837 Arsenal FC (3. Anglia) 110,914 (#) FC Schalke 04 lub SV Werder Brema (3. Niemcy) 67,078 / 74,078 Juventus FC (3. Włochy) 66,935 (#) AS Nancy / Olympique Marsylia (3. Francja) 25,380 / 63,380 Steaua Bukareszt (2. Rumunia) 59,397 * Panathinaikos Ateny (2. Grecja) 52,524 * Celtic FC lub Rangers FC (2. Szkocja) 52,013 / 66,013 Olympiakos Pireus (1. Grecja) 51,524 FC Basel * (1. Szwajcaria) 51,994 (#) FC Twente / AFC Ajax Amsterdam (2. Holandia) 14,610 / 51,610 * Fenerbahce SK (2. Turcja) 51,469 Szachtar Donieck (1/2 Ukraina) 49,932 * RSC Anderlecht Bruksela (2. Belgia) 41,811 (#) AC Fiorentina lub Milan AC (4. Włochy) 40,935 / 119,935 Spartak Moskwa (2. Rosja) 40,272 Atletico Madryt (3. Hiszpania) 36,837 * - rozpoczyna grę od II rundy kwalifikacyjnej (#) - rozgrywki w danym kraju wciąż trwają Może dojść do niewielkich zmian, jeżeli we Francji trzecie miejsce utrzyma Nancy, wtedy też Spartak Moskwa będzie drużyną rozstawioną. Natomiast jeżeli w Holandii mecze barażowe wygra Twente, na rozstawienie dodatkowo liczyć może Atletico Madryt.