Beckenbauer junior również był piłkarzem; na początku lat 90. rozegrał 12 meczów w barwach 1. FC Saarbruecken w Bundeslidze. Występował również m.in. w TSV 1860 Monachium i Kickers Offenbach, a także drugiej drużynie słynnego Bayernu, czyli klubu, w którym sukcesy święcił jego ojciec. Poważna kontuzja kolana sprawiła, że w wieku 29 lat zakończył karierę. Później pracował jako trener z różnymi grupami młodzieżowymi Bayernu. Stephan Beckenbauer był żonaty, miał trzech synów. Jego ojciec, prawie 70-letni Franz, to były mistrz świata (1974 rok) i Europy (1972) oraz dwukrotny zdobywca Złotej Piłki (1972, 1976). W roli selekcjonera reprezentacji RFN sięgnął po tytuł na mundialu w Niemczech w 1990 roku. Z kolei z Bayernem wywalczył m.in. cztery razy mistrzostwo Niemiec i trzykrotnie triumfował w Pucharze Europy.