Chorwat świetnie zaadaptował się w Bayernie Monachium po transferze w 2012 roku. W swoim pierwszym sezonie, pod wodzą Juppa Heynckesa, zdobył z zespołem wszystkie trofea, jakie mógł. Jednak, gdy Heynckesa zmienił Pep Guardiola, sytuacja Mandżukicia zupełnie się zmieniła, choć wciąż strzelał gole. Wprawdzie jeszcze w październiku minionego roku Guardiola wychwalał Mandżukicia ("To najlepszy napastnik świata" - powiedział, gdy Chorwat strzelił dwa gole w wygranym meczu z Herthą 3-2), ale już wcześniej między nimi zaczęło dochodzić do zgrzytów. Trener miał pretensje do piłkarza o to, że nie realizuje jego założeń taktycznych, co z kolei wywoływało frustrację u Mandżukicia. Pozycja Chorwata w klubie słabła również dlatego, że było wiadomo, iż od nowego sezonu piłkarzem Bayernu zostanie Robert Lewandowski. Wprawdzie szefowie klubu zapewniali, że chcą zatrzymać Chorwata, ale nie przekonali go, aby został. Gdy odchodził, dziękował nie tylko władzom klubu za ofertę przedłużenia umowy, ale także Guardioli, którego określił "wspaniałym trenerem". Teraz jednak wyjawił, co rzeczywiście myśli. "Guardiola zawiódł mnie. Nie traktował mnie z szacunkiem. Nie pozwolił mi zostać królem strzelców. Wszystko było dwa razy lepsze, gdy trenerem był Jupp Heynckes i nie jest to jedynie moja opinia" - powiedział Mandżukić w wywiadzie dla "Sportske Novosti", który przytacza goal.com. "Nie zasłużyłem na takie traktowanie dając z siebie wszystko dla Bayernu w ciągu dwóch sezonów. Sytuacja zmieniła się, gdy tylko przyszedł nowy trener. Ciężko próbowałem się zaadaptować, ale żeby funkcjonowało, muszą chcieć obie strony. Zdałem sobie sprawę, że nie mam przyszłości w Bayernie, więc pogodziłem się z tym, że opuszczę klub i muszę wybrać nowy" - dodał Mandżukić. Chorwat oskarżył Guardiolę, że odebrał mu szansę na wywalczenie tytułu króla strzelców i nie pozwolił zagrać w finale Pucharu Niemiec. "To nie było tak naprawdę ważne dla mnie, ale po prostu pokazuje, że nie miał do mnie szacunku. Bardziej szanowałbym go, gdyby po prostu do mnie przyszedł i powiedział, że nie pasuję do jego filozofii" - podkreślił chorwacki snajper, który za 22 mln euro odszedł do Atletico Madryt i po 12 meczach ma na koncie już sześć goli.