Goetze nabawił się kontuzji 30 kwietnia w rewanżowym meczu półfinałowym Ligi Mistrzów przeciwko Realowi Madryt (0-2, w dwumeczu 4-3). 21 maja wznowił treningi z Borussią, ale ponownie zaczął odczuwać ból i nie dokończył zajęć. Od tej pory przechodził rehabilitację. Nie wystąpił m.in. w finale LM, w którym Bayern pokonał w Londynie jego ówczesny klub 2-1. Wkrótce po tym spotkaniu Goetze został zawodnikiem drużyny z Monachium. W piątek po raz pierwszy wziął udział w zajęciach z nowymi kolegami. - Jestem szczęśliwy, że wreszcie mogę trenować z zespołem. Podczas zajęć drużynowych będę robił wszystko, co tylko można, a później będę także ćwiczył indywidualnie, aby nadrobić stracony czas - powiedział Goetze dziennikarzom, po czym rozdał mnóstwo autografów kibicom Bayernu. W pierwszym meczu Bundesligi piłkarze z Monachium zagrają 9 sierpnia u siebie z Borussią Moenchengladbach. Transfer 21-letniego ofensywnego pomocnika był jednym z najbardziej spektakularnych w historii Bundesligi. Tylko raz niemiecki klub zapłacił więcej za piłkarza. W ubiegłym roku Bayern wyłożył 40 mln euro za Hiszpana Javiera Martineza z Athletic Bilbao. Goetze, grający w Borussii od ósmego roku życia, był w BVB kluczową postacią. Zarabiał ok. pięciu milionów euro rocznie. W nowym zespole jego wynagrodzenie ma być wyższe o dwa miliony.