W 2012 roku "Sid the Kidd" wystąpił tylko w 20 spotkaniach "Pingwinów", na co wpływ miały bóle migrenowe głowy, które były konsekwencją brutalnego ataku jednego z rywali podczas meczu 5 stycznia 2011 roku. Po krótkim powrocie, lekarze wykryli u niego pęknięcie jednego z kręgów karku i zalecili kolejną przerwę. Miejscowa gazeta z Pittsburgha w tym tygodniu dwukrotnie pisała o gwieździe Penguins. Najpierw, w poniedziałek, powołując się na anonimowego informatora z zarządu klubu. Dzień później przytacza wypowiedź samego hokeisty, że przepracował przerwę letnią bardzo solidnie i w tym miesiącu weźmie udział w przedsezonowym zgrupowaniu szkoleniowym swojego zespołu. 5 stycznia 2011 roku Crosby został mocno poturbowany przez obrońcę Tampa Bay Lightning Victora Hedmana i doznał wstrząśnienia mózgu. Był wówczas liderem klasyfikacji najskuteczniejszych zawodników sezonu - miał 66 punktów zdobytych w 41 meczach. Od tego momentu nie wystąpił już do końca rozgrywek, a także opuścił ponad półtora miesiąca na otwarcie następnego sezonu. Wrócił na lód 21 listopada, po dziesięciomiesięcznej przerwie i wystąpił w ośmiu spotkaniach. Zdobył w nich 12 punktów (dwa gole i osiem asyst), ale 5 grudnia znów został wpisany na listę kontuzjowanych zawodników, ponieważ nasiliły się u niego migrenowe bóle głowy. Kolejne mecze rozegrał dopiero na wiosnę, w końcówce sezonu regularnego. W rywalizacji o Puchar Stanleya nie uratował ekipy z Pittsburgha od odpadnięcia w pierwszej rundzie play off. Ma za sobą 434 ligowe występy, w których zdobył 609 punktów, w tym 223 bramek i 386 asyst. W fazie play off, w 68 meczach, zgromadził 90 punktów, z czego 33 to gole, a 57 to podania. W czerwcu 24-letni Crosby podpisał nowy kontrakt z Penguins, który ma obowiązywać do 2025 roku. Wartość umowy to 104,4 mln dolarów. Za każdy sezon otrzyma 8,7 miliona. Liczba ta nie jest przypadkowa, bowiem Kanadyjczyk występuje z 87 numerem na koszulce, co nawiązuje do daty jego urodzin - 7 sierpnia 1987 roku.