W trakcie swojej kariery za oceanem Nesterovic grał w czterech klubach. Zaczął w Minnesota Timberwolves, gdzie występował przez pięć sezonów. Na kolejne trzy przeniósł się do San Antonio Spurs (w 2005 roku zdobył mistrzostwo ligi). Ostatnie cztery lata spędził w Toronto Raptors i Indiana Pacers. Przed zbliżającym się sezonem w przeciwnym kierunku niż Słoweniec z zespołu wicemistrza Grecji powędrowało dwóch koszykarzy. Na powrót do NBA zdecydowali się Litwin Linas Kleiza (do Toronto Raptors) i Amerykanin Josh Childress (do Phoenix Suns). (