W tym sezonie rozegrał zaledwie 46 meczów, a nie występował z powodu kłopotów zdrowotnych w zespole Knicks od 4 lutego. Ponadto w jego organizmie wykryto zabroniony środek dopingowy. Został zdyskwalifikowany na 20 meczów. 25 marca sztab medyczny nowojorczyków poinformował, że jest gotowy do gry, co oznaczało rozpoczęcie kary dyskwalifikacji. Nie wystąpił w ośmiu spotkaniach sezonu, ale będzie też musiał pauzować w 12 pierwszych meczach rozgrywek 2017/18. Noah, syn Yannicka, znanego tenisisty triumfatora French Open w 1983 roku, przeprosił władze klubu i kibiców za swoje zachowanie. W tym sezonie miał średnio 5 punktów i 8,8 zbiórek. W rozgrywkach 2013/14 wybrano go najlepszym obrońcą w NBA. Przez dziewięć lat grał w Chicago Bulls (w 2015/16 wystąpił tylko w 29 meczach z powodu urazów), a w połowie ubiegłego roku podpisał czteroletni kontrakt z nowojorskim zespołem na kwotę 72 mln dolarów.