W ostatnim sezonie, swoim trzecim w NBA, odnotował średnią 15,4 punktów, 5,3 zbiórki i 1,24 bloku w meczu, a wystąpił w 78 z 82 spotkaniach. W 2006 roku Bargnani, jako pierwszy koszykarz urodzony w Europie, został wybrany z numerem jeden w drafcie do NBA właśnie przez Raptors. Od razu stał się podstawowym zawodnikiem klubu z Toronto i ma w dorobku 221 spotkań, w których odnotował średnią 12,4 punktu i 4,3 zbiórki w meczu.