Ostatnio 32-letni piłkarz występował w Lokomotiwie Kubań Krasnodar. W lidze francuskiej grał w Auxerre (1998-2004) i Olympique Marsylia (2007-2009). Brakuje mu tylko sześciu bramek, by przekroczyć granicę 100 goli zdobytych w rozgrywkach o mistrzostwo Francji. Reprezentował też barwy Liverpoolu, Sunderlandu, Panathinaikosu Ateny, Lazio Rzym oraz Queens Park Rangers. Był ponadto wypożyczony do katarskiej drużyny Al Gharafa. Cisse znany jest nie tylko z piłkarskich boisk, ale i biznesowych parkietów. Ma kolekcję ubrań oraz firmuje linię zapachową dla mężczyzn "Mr Lenior".