Francis był kontrowersyjną postacią i miał związek z dopingowymi skandalami. W wyniku zażywania stanozololu Johnsonowi odebrano złoty medal igrzysk olimpijskich w Seulu w 1998 roku oraz ustanowiony wówczas rekord świata. Szkoleniowiec wziął na siebie winę za doping Johnsona i został dożywotnio zawieszony przez kanadyjską federację. Mimo to w 2003 roku nawiązał, na początku w tajemnicy, współpracę z amerykańskimi sprinterami Marion Jones i Tim Montgomerym, którzy następnie również zostali przyłapani na stosowaniu niedozwolonych środków.