Weźmie w niej udział 21 drużyn (wcześniej były 24), które podzielone zostały na trzy grupy. W tej fazie rywalizacja toczyć się będzie systemem "każdy z każdym" i potrwa od 17 października do 6 lutego. Rywalami krakowskiego klubu, który losowany był z trzeciego koszyka, będą hiszpański Rivas Ecopolis Vaciamadrid, rosyjski Spartak Region Moskwa, francuski Bourges Basket, węgierski Uni Seat Gyor, czeski BK Brno oraz turecki Tarsus Belediye Spor. Zespół z Polkowic, który znalazł się w piątym koszyku, zmierzy się z rosyjskim UMMC Jekaterynburg, tureckim Galatasaray Stambuł, hiszpańskim Perfumerias Avenida Salamanka, czeskim ZVVZ USK Praga, francuskim USO Mondeville oraz chorwackim Novi Zagrzeb. Wisła pierwszy mecz zagra 17 października na wyjeździe z trzykrotnym triufatorem Euroligi i mistrzem Francji Bourges Basket, zaś CCC tydzień później zainauguruje rozgrywki u siebie pojedynkiem z USO Mondeville. Do play off awansuje pięć najlepszych zespołów z każdej grupy. Jeśli w tym gronie nie będzie gospodarza finałowego turnieju (zostanie on wybrany do końca roku i będzie miał zagwarantowany udział w Final Eight), to po cztery czołowe oraz dwie najlepsze z piątych pozycji. Czternaście zespołów w play off rywalizować będzie do dwóch wygranych, a zwycięzcy wystąpią w turnieju finałowym. Skład grup Euroligi koszykarek w sezonie 2012/13: grupa A: Rivas Ecopolis Vaciamadrid (Hiszpania), Spartak Region Moskwa (Rosja), Wisła Can-Pack Kraków (Polska), Bourges Basket (Francja), Uni Seat Gyor (Węgry), BK Brno (Czechy), Tarsus Belediye Spor (Turcja) grupa B: Fenerbahce Stambuł (Turcja), Famila Schio (Włochy), Good Angels Koszyce (Słowacja), Nadieżda Orenburg (Rosja), Uniqa Euroleasing Sopron (Węgry), Arras Pays d'Artois (Francja), CSM Targoviste (Rumunia) grupa C: UMMC Jekaterynburg (Rosja), Galatasaray Stambuł (Turcja), Perfumerias Avenida Salamanka (Hiszpania), ZVVZ USK Praga (Czechy), CCC Polkowice (Polska), USO Mondeville (Francja), Novi Zagrzeb (Chorwacja).