We wrześniu 2012 roku Komisja Dyscyplinarna PZPN zdyskwalifikowała Janusza Wójcika na cztery lata za udział w aferze korupcyjnej. Chodzi o sprawę z sezonu 2003/2004, gdy Wójcik prowadził Świt Nowy Dwór Mazowiecki. W październiku 2014 roku Janusz Wójcik, były selekcjoner reprezentacji Polski, został skazany na dwa lata więzienia w zawieszeniu na pięć lat. Została też na niego nałożona grzywna w wysokości ponad 64 tys. zł. W uzasadnieniu wyroku sędzia Elżbieta Sztenc mówiła m.in.: ustalono ponad wszelką wątpliwość, że oskarżony popełnił zarzucane mu czyny. Przyznał się do zarzutów i wyraził skruchę, ale umniejszał swoją rolę. Zebrany materiał wskazuje, że było inaczej. Ustalone okoliczności nie budzą wątpliwości. Kara spełni swoją rolę, Oskarżony miał świadomość, że działał niezgodnie z prawem. Nie był zmuszany do łamania prawa. Wolał ustawiać mecze niż trenować zawodników dla których powinien być wzorem - czytamy na blogu "Piłkarska Mafia", który od lat zajmuje się korupcyjnym procederem w polskiej piłce.Wójcik od początku nie godził się z decyzją Komisji Dyscyplinarnej PZPN. Zapowiadał odwołanie się do Rzecznika Praw Obywatelskich, ale ostatecznie o pomoc zwrócił się do Najwyższej Komisji Odwoławczej. Teraz NKO wydała komunikat, w którym czytamy:"NKO oddaliła odwołanie Janusza Wójcika od postanowienia Komisji Dyscyplinarnej PZPN w przedmiocie oddalenia wniosku o darowanie pozostałej do wykonania kary dyscyplinarnej".Oznacza to, że decyzja Komisji Dyscyplinarnej PZPN została podtrzymana. Były selekcjoner będzie musiał więc odcierpieć cały wymiar kary.